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Brasil desponta como um país rico em cavidades naturais subterrâneas, com mais de 20.000 cavernas cadastradas oficialmente. Além das cavernas, as quais se desenvolvem em diferentes tipos de rocha, há outros habitat subterrâneos (hipógeos) com corpos d’água na forma de drenagens (riachos de nível de base), de afloramentos do freático (zona saturada) em cavernas inundadas ou na forma de poças e lagos dentro de cavidades, além de bolsões de aquíferos superiores formados por água de infiltração na rocha. Em alguns casos, as águas subterrâneas não afloram em cavidades, e sim em aluviões próximos a rios, representando uma zona hiporreica. A ictiofauna subterrânea brasileira é composta por peixes restritos às cavernas e outros habitat subterrâneos (geralmente categorizados como troglóbios/estigóbios) ou por espécies que possuem populações bem estabelecidas nestes habitat, mas que também ocorrem em riachos e corpos d’água da superfície (categorizados como troglófilos). Atualmente há mais de 80 espécies de peixes com populações troglóbias e troglófilas no Brasil. Alguns estudos populacionais para peixes troglóbios/freatóbios apresentam estimativas de tamanhos e densidades populacionais variáveis, geralmente caracterizadas por populações pequenas; uma tendência ao sedentarismo; baixos valores de fator de condição e estratégias de ciclos de vida tendendo ao K dentro do continuum r-K. Estas características são relacionadas às condições abióticas únicas destes habitat, tais como aporte de nutrientes baixo, infrequente e muitas vezes imprevisível, o que pode representar um filtro acentuado. Em relação à conservação, os peixes de riachos de cavernas e de outros habitat subterrâneos encontram-se ameaçados e a maioria das espécies descritas formalmente está inserida em listas de fauna ameaçada no Brasil, apenas quatro espécies foram incluídas e avaliadas globalmente (a piaba Stygichthys typhlops e os bagres Pimelodella kronei, Phreatobius cisternarum e Phreatobius sanguijuela).

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